Будущий пират родился приблизительно в 1540 году на юго-западе Англии, в графстве Девоншир. В подростковом возрасте Фрэнсис устроился на торговое судно юнгой и постепенно изучил искусство управления кораблем. К 21 году он уже был капитаном собственного судна. Обычная торговля не слишком привлекала молодого человека: он искал более быстрые способы разбогатеть. Так в 1566—1567 годах Дрейк начал заниматься работорговлей, но вскоре оставил это занятие, увлекшись грабежом принадлежащих Испании кораблей.

В 1572 году Дрейк возглавил собственную экспедицию к берегам Панамы, во время которой успешно грабил испанские корабли, захватил город Номбре де Диас и, напав на испанский «Серебряный караван», отбил около 30 тонн серебра. В Англию Дрейк вернулся не только богатым, но и знаменитым — слава о его подвигах летела впереди него. В это время Англия и Испания вели друг с другом необъявленную морскую войну, поэтому пиратские действия Дрейка заслужили одобрение со стороны английской королевы Елизаветы I.

В 1577 году пират получил звание контр-адмирала и во главе экспедиции из пяти кораблей был отправлен в набег на тихоокеанское побережье Южной Америки. Именно во время этого путешествия Дрейк открыл пролив между Антарктидой и архипелагом Огненная Земля, названный его именем. Примечательно, что из пяти кораблей, вышедших в плавание, до Тихого океана дошел только флагман «Пеликан», впоследствии переименованный в «Золотую лань».

Испанцы не ожидали нападения с этой стороны, с Тихого океана, поэтому их города были почти не защищены. Дрейк прошел вдоль западного побережья Южной Америки, захватывая и грабя города и корабли, набивая свой трюм золотом и другими ценностями. Эта экспедиция считается одним из наиболее выгодных путешествий в мире: по некоторым данным, прибыль от нее составила 4700%. Сумма, в которую оценивались привезенные этим пиратом ценности, превосходила годовой бюджет Англии. Само собой, после возвращения Дрейка на родину, королева Елизавета пожелала лично поздравить его и произвести в рыцари. У нее был и еще один повод отметить Дрейка: плавание английского пирата стало вторым кругосветным путешествием после экспедиции Фернана Магеллана и Хуана Себастьяна Элькано.

В 1585—1586 годах Дрейк совершил еще один набег на испанские колонии в Америке. На это раз под его командованием находился 21 корабль. И снова, как прежде, пирату сопутствовала удача. В 1588 году Дрейк принял активное участие в уничтожении Непобедимой армады — огромного военного флота, собранного Испанией для захвата Англии. Однако в 1589 году счастье изменило великому пирату — его поход на Лиссабон завершился сокрушительным провалом, почти две трети его людей погибли, а сам Дрейк заслужил немилость королевы.

Следующий поход оказался для Дрейка последним: в 1595 году он отправился в очередной набег на испанские владения в Вест-Индии, но заболел тропической лихорадкой (по другим сведениям — дизентерией) и умер 28 января 1596 года.